Scientology respekterer alle religioner. Den deler andre religioners drømme om fred og frelse. Kirkens trosbekendelse fastslår, at ”alle mennesker har en umistelig ret til deres egne religiøse skikke og deres udøvelse.”
Som institution er kirken velkendt for dens tværreligiøse samarbejde sammen med alle religioner. På det personlige plan påbyder den moralkodeks, som scientologer bekender sig til følgende:
”Respektér andres religiøse overbevisning.”
”Tolerance er et godt fundament at bygge forholdet mellem mennesker på.”
”Når man kigger på, hvad religiøs intolerance har medført af blodbade og lidelser op gennem hele Menneskets historie og helt ind i vor tid, kan man se, at intolerance i høj grad modvirker overlevelse.”
”Religiøs tolerance betyder ikke, at man ikke kan give udtryk for sin egen overbevisning. Det betyder, at forsøg på at undergrave eller angribe en andens religiøse tro og overbevisning altid har været den direkte vej ud i vanskeligheder.”
”Vejen til lykke kan blive fuld af strid, hvis man ikke respekterer andres religiøse overbevisning.”
Religion er i vore dage genstand for mange diskussioner og kritiske betragtninger. Men på intet tidspunkt har dens civiliserende indflydelse været vigtigere. L. Ron Hubbard fastholdt, at med religion opstår den første fornemmelse af fællesskab.
”Når religion ingen indflydelse har i et samfund eller er holdt op med at have det, så arver staten hele byrden med at tage sig af den offentlige moral, kriminalitet og intolerance. Det bliver så nødvendigt at bruge straf og politi. Og det bliver heller ingen succes, da moral, integritet og selvrespekt, hvis det ikke allerede er en del af personen, ikke kan gennemtvinges med nogen større succes. Kun gennem åndelig bevidsthed og indprenten af den åndelige værdi i disse egenskaber kan de komme frem. Der bliver nødt til at være mere fornuft og mere følelsesmæssig motivation til at være moralsk osv. end truslen om menneskelig afstraffelse.”