Kirken er ivrig fortaler for at etablere samarbejde med alle religioner i sager, der er vigtige for alle religioner. Scientologer samarbejder med repræsentanter for mange religioner for at støtte og opmuntre til interreligiøs dialog, religiøs frihed, grundlovssikrede rettigheder og opnåelse af respekt i samfundet omkring religion.
Scientologer har aktivt kæmpet for religiøs frihed i Europa. I Frankrig demonstrerede adskillige tusind scientologer med krav til en ”Deklaration om Religionsfrihed”, som efterfølgende blev accepteret af Europarådet. I Danmark har scientologer i mange år været aktive medlemmer af det danske Interfaith Forum, som er en åbenhjertig stemme for religiøs frihed i hele Skandinavien. I Belgien spillede Scientology kirken en central rolle i etableringen af det Økumeniske Europæiske Råd for religiøse bevægelser, hvis medlemmer repræsenterer deres respektive kirker i forbindelse med spørgsmål om religionsfrihed.
Scientology kirker har også arrangeret mange multireligiøse konferencer i Europa og USA for at tilskynde religioner til at arbejde sammen i kampen for religiøs frihed og tolerance. I Rusland hjalp scientologer med at afholde en række rundbordssamtaler på højt niveau om emnet, nogle i samarbejde med det Føderale Ombudsmands kontor og det russiske akademi for statskundskab.
I kølvandet på 11. september 2001, World Trade Center-katastrofen, var Scientology kirken i England vært for en international konference med titlen: ”Få fyldt det moralske vakuum.” De femoghalvfjerds deltagere omfattede religiøse ledere, menneskerettighedsaktivister og akademikere fra Europa, Asien, Afrika, USA og Canada.
I Los Angeles og andre steder deltager Scientology præster i præsteråd betalt af politimyndighederne sammen med Los Angeles Countys sherif-kontor og Los Angeles’ politi. Disse råd organiserer arrangementer i byen for at hjælpe unge i ghettoerne med at finde formål og retning i liv.
